In Mannsegg existierte schon früh eine Rechtsschule, die von Geldern der Kirche und des Kaisers persönlich unterhalten wurde. Ihre Gründung lässt sich nicht genau datieren, soll aber unter der Regentschaft von Kaiser Hunnbald erfolgt sein. Diese unter dem Namen „Discipulina Legis“ bekannte Einrichtung befasste sich zunächst ausschließlich mit der Auslegung des überkommenen Rechts und der Gesetzgebung des Kaisers. Damit wurde die Rechtsschule von Mannsegg zu einer wichtigen Stütze der Position des Kaisers im Reich.
In der Discipulina Legis konnte nur studieren, wer lindischen Geblüts war und die erforderlichen Kolleggelder erlegen, und für seine Unterkunft und Verpflegung selbst aufkommen konnte. Studenten lebten nahe der Rechtsschule in eigenen Wohn- und Studierheimen, den sogenannten Bursen. Meist bestanden diese aus einem großen, beheizbaren Saal, der als Schlaf- und Studierstube diente. Die älteste und berühmteste dieser Bursen war die Rosenburse, nach der heute in Mannsegg noch eine Straße benannt ist.
An der Rechtsschule unterrichteten in diesen frühen Jahren viele Männer der Taranskirche, aber auch weltliche Gelehrte und Beamte des Reiches. Unter ihnen ragt besonders Dankmar von Rösslingen hervor, der durch seine in Versform gehaltene Sammlung von altlindischen Weistümern und anderen Rechtsquellen auch heute noch eine Autorität der juristischen Zunft ist.

Zur Zeit Bertholds war die Rechtsschule bereits bedeutend angewachsen. Aufgrund der vorhandenen Infrastruktur (Mannsegg besaß damals schon achtzehn Bursen, über 200 Werkstätten von Kopisten und Schreibern, und über dreißig verschiedene Hör- und Disputiersäle) ließen sich immer mehr Gelehrte aller Disziplinen aus dem Lindland hier nieder, um ihren Studien nachzugehen. Auch ausländische Studenten und Professoren fanden sich ein, um an der Weisheit, für die die Stadt berühmt zu werden begann, teil zu haben.
Gleichzeitig wuchs der Besitz der Schule durch Schenkungen ehemaliger Studenten und Erbfälle verstorbener Alumnaten beträchtlich an. Viele der Dörfer um Mannsegg, aber auch Liegenschaften in entfernten Gebieten fielen an die Schule, die sich dadurch eine dauernde und stete Einnahmequelle sicherte.
Durch das Anwachsen der Studentenzahlen, den Zuzug von Gelehrten verschiedenster Fachrichtungen und das Erstarken eines schulbezogenen Korpsgeistes erschien die Schulverfassung aus den Jahren Hunnebalds als veraltet und überholt. Mehrere Anläufe der Versammlung aller Lehrer und Studenten - die sogenannte „universitas magistrorum et discipulorum“ – die Schule in ein reichsunmittelbares Institut mit verschiedenen Fakultäten umzuwandeln und eine lehnsähnliche Herrschaft über ihre Gebiete zu erlangen, scheiterten am Widerstand der Freiherren von Fehrburg, denen der Reichtum der Schule und das liederliche Wesen mancher Studenten längst ein Dorn im Auge waren.

Höhepunkt der Auseinandersetzung zwischen der Schule und den Freiherren von Fehrburg als Grundherren in Mannsegg ist die sogenannte Schulfehde. Den tumultartigen Ausschreitungen in Mannsegg waren politisch erfolglose Versuche der Schule vorausgegangen, sich aus der Grundherrschaft der Fehrburger zu lösen und sich eigene Satzungen geben zu dürfen.
Der gewählte Vorsitzende der schulischen Vollversammlung, der sogenannten universitas, Emmeram von Greyffen, legte den Freiherren einen Vorschlag zur Reform der Schule vor, durch den sie in angemessener Weise an der Verwaltung der Stadt beteiligt und in die Selbstverwaltung entlassen würde. Freiherr Adelhard ließ das Manifest aber öffentlich verbrennen und verwies Emmeram des Landes, der nach Burgten zum Reichstag flüchtete.
Um dieser Demütigung entgegen zu treten, trafen sich die Lehrer und Schüler zur Mittsommernacht bewaffnet auf den Marktplatz in Mannsegg und protestierten mit Schmähliedern gegen die Willkür des Freiherren. Dieser wiederum sah in diesem bewaffneten Aufmarsch einen gewaltsamen Verstoß gegen seine Rechte als Grundherr und erließ das Mannsegger Schuldekret. Darin wird das Recht, die universitas einzuberufen dem fehrburgischen Vogt in Mannsegg übertragen, die Jurisdiktion über alle zivilen und strafrechtlichen Angelegenheiten der Schule und ihrer Angehörigen den Grundgerichtsbarkeiten des Freiherren unterworfen und den Schülern im gesamten Gebiet Fehrburgs das Tragen von Waffen verboten.
Adelhard zielte mit seinem Dekret direkt auf die Lebensfähigkeit der Schule, denn um zu ihr zu gelangen, mussten Studenten über die nur schlecht bewachten Landstraßen bis nach Mannsegg reisen. Ohne Waffen waren sie dem Treiben von Straßenräubern und Strauchdieben schutzlos ausgesetzt. Als der Freiherr sämtliche Ansuchen der Rechtsschule und sogar die Drohung, die Angelegenheit mit aller juristischen Kraft vor den Reichstag zu bringen, ignorierte, kam es in den letzten Jahreswochen 16 nKH zu gewalttätigen Auseinandersetzungen zwischen fehrburgischen Mannen und Schülern. Den Schülern schlossen sich bald die von der Schule abhängigen Handwerker und Wirtsleute an. Am Höhepunkt der Schulfehde warfen aufgebrachte Schüler und Lehrer den fehrburgischen Vogt, Berengar Schenk von Trautendorf aus dem Fenster seines Amtssitzes am Marktplatz. Nach dem Mannsegger Fenstersturz zwangen die Bewohner der Stadt sämtliche Wachen des Freiherren zum Abzug.
Als wenige Tage später Berengar mit fünfzig Reitern zurückkehrte, um die Revolte nieder zu zwingen, versammelten sich alle Schüler, Lehrer, Wirtsleute, Kopisten, Schreiber, Peragment- und Tintenhersteller, alle Buchbinder, samt Frauen und Kindern vor dem Burgtener Tor und verkündeten den Auszug aus Mannsegg. Man wolle, verkündete ein Sprecher, sich in einem anderen Teil des Reiches niederlassen, wo man den berechtigten Interessen der Schule offener gegenüber stünde.
Der Auszug der Schule aus Mannsegg machte im Reichstag ungeheures Aufsehen, waren doch viele der Beamten ebenfalls in Mannsegg ausgebildet worden und hatten viele adelige Herren ihre zweit- und drittgeborenen Sprösse daselbst zum Studieren geschickt.

Emmeram, der selbst weitschichtig mütterlicherseits mit Kaiser Maximilians verwandt war, verstand es, das Anliegen der Schule geschickt mit den Nöten des von der Großen Plage noch zerrütteten Reiches zu verknüpfen. In seiner berühmten Rede „An den taransfrommen Adel lindischer Nation“ forderte er im Reichstag die Unterstellung der Schule unter den Reichstag und den Kaiser allein und die Etablierung ihrer weitgehenden Selbständigkeit.
Maximilian und die hinter ihm stehenden Freien Reichsstädte sahen darin die Möglichkeit, das Moment der Reichsunmittelbarkeit zulasten der territorialen Landesherren auszubauen und votierten mit zwei Stimmen Mehrheit für eine dauerhafte Veränderung der lehensrechtlichen und grundherrschaftlichen Verhältnisse in Mannsegg. Als Begründung für diese Reichsintervention wurde angeführt, dass der Freiherr von Fehrburg sich offenbar der Bedeutung der Rechtsschule und guter lindischer Gelehrsamkeit nicht bewusst sei und seine Konfrontation mit den Gelehrten ein Zeichen ungenügender Landesverwaltung sei. Da Adelhard zum Zeitpunkt der Beschlussfassung aufgrund eines Jagdunfalls im Sterben lag und seine Söhne sich um die Nachfolge zankten, blieb geeinter Widerstand gegen die vom Reichstag verfügte Lösung aus. Zum Ausgleich für die verlorene Stadt Mannsegg erhielten die Fehrburger sämtlichen in Fehrburg gelegenen Eigenbesitz der Schule außerhalb der Stadtmauer von Mannsegg – ein Tausch, der für Adelhards Erben durchaus günstig war.
Am letzten Herbsttag anno 19 nKH unterzeichneten Kaiser Maximilian, Hartlieb Freiherr von Fehrburg (Adelhards erstgeborener Sohn und neuer Landesherr), sowie Emmeram von Greyffen die Gründungsurkunde der künftigen Universität von Mannsegg, das „Privilegium Scholasticum“.
Seitdem wird dieser Gründungstag jährlich am letzten Herbsttag in Mannsegg gefeiert. Die Professoren ziehen in Talar und Prunkketten in die Große Aula ein, wo sie versammelte Studentenschaft sie mit dem dreimaligen Ruf „Floreat – sie möge blühen!“ erwarten. Der Domkapitular von Mannsegg liest dort ein Hochamt mit anschließender Taran-Laudes. Von dort ziehen die Professoren und Studenten zum Burgtener Tor, wo die Gründungsurkunde laut in alle vier Himmelsrichtungen verlesen wird. Danach erfolgen traditionell der Bieranstich des Rektors am Marktplatz und allerlei volkstümliche Lustbarkeiten.

Durch das Privilegium Scholasticum wurde die alte Hunnebaldische Rechtsschule in eine Lehranstalt gänzlich neuer Art umgewandelt: es entstand die Mannsegger Universität, bzw. Universitas Mannessea. Näherin umfasste das Dokument die Privilegien der Reichsunmittelbarkeit der Universität (freilich ohne Sitz im Reichstag), der Selbstverwaltung, der Unabhängigkeit von außeruniversitären Gerichtsbarkeiten, der Freiheit von Abgaben an das Reich und das Privileg des Führens von Standeswaffen für Professoren und Studenten. Die Universität erhielt volle Autonomie und die grundherrschaftlichen Rechte über alle Einwohner Mannseggs und sämtliche Angehörige der Universität. Höchstes Gremium der Universität wurde die bislang informelle Vollversammlung (universitas), der alle ordentlichen Hörer und der gesamte Lehrkörper angehören. Zu ihren prominentesten Aufgaben gehört die alljährliche Wahl des Rektors am Neujahrstag.
Der Rektor vertritt die Universität nach Außen und fungiert als oberste Instanz in allen Angelegenheiten der Stadt und der Universität. Insbesondere obliegt ihm auch die Gerichtsbarkeit über die Universitätsangehörigen und die Bewohner Mannseggs. Er selbst ist ausschließlich der Vollversammlung verantwortlich, die von einem Fünftel der Professoren und einem Fünftel der Studentenschaft jederzeit einberufen werden kann.
Als Schirmherr der Freiheit und Autonomie von Stadt und Universität fungiert stets der Kaiser persönlich, der am Neujahrstag den neugewählten Rektor in Mannsegg offiziell inauguriert und mit den Insignien einer reichsunmittelbaren Vasallität ausstattet: der goldenen Prunkkette mit dem Kaiserwappen, dem Rektoratszepter und dem goldenen Bullsiegel mit dem Wappen der Universität. In jüngerer Zeit bediente sich der Kaiser bei dieser Gelegenheit meistens eines hochrangigen Beamten des Hofes zur Vornahme der Inauguration. Der Kaiser unterhält in Mannsegg eine Truppe von dreißig ausgewählten Gardisten, die von einem Stadtritter als kommandierendem Stadtvogt geführt werden und den Schwertarm der Universität bilden.
Der Kaiser unterhält weiters einen gut dotierten Stipendienfonds für Kinder aus ärmeren Familien, denen durch ihre seltenen geistigen Fähigkeiten ein akademisches Leben vorgezeichnet ist.

Durch die Umwandlung der alten Rechtsschule in eine Universität konnten sämtliche Studienfächer und Zweige taransgefälliger Gelehrsamkeit in den Lehrbetrieb eingegliedert werden. Als neues Ordnungsschema der auf diese Weise bedeutsam erweiterten Bereiche der Wissenschaft, etablierte sich eine Vierteilung: die propädeutische Artistenfakultät, in der die sieben freien Künste Grammatik, Rhetorik, Dialektik, Arithmetik, Geometrie, Musik und Astronomie gelehrt wurden. Der erfolgreiche Abschluss dieses vierjährigen Studiums berechtigt zum Übertritt in eine der drei Hochfakultäten: facultas mentis (die geistigen Fächer: Alte Philologie, Geschichtsschreibung, Schönkunst und vertiefende Philosophie, etc.), facultas mechanicae (technische, mathematische und naturkundliche Fächer) und facultas praesentiae (staatskundliche und juristische Fächer, aber auch Medizin und Völkerkunde). Den Fakultäten präsidiert jeweils ein Dekan, den einzelnen Fachgebieten der sogenannte Ordinarius.
Zunächst schloss ein ordentliches Studium an einer der Hochfakultäten mit der öffentlichen Verteidigung einer vom jeweiligen Dekan vorgegebenen fachlichen Frage ab, worauf die feierliche Exmatrikulation vorgenommen wurde und der Absolvent in der Großen Aula einen Vortrag zu seinen speziellen Wissensgebieten halten durfte. In den letzten Jahrzehnten hat man sich aufgrund der Menge an Studenten und Absolventen darauf verlegt, den erfolgreichen Abschluss des Studiums mit Titeln zu verbürgen. Entsprechende Verleihungsurkunden werden vom Rektor ausgestellt und bedürfen zu ihrer Gültigkeit der Gegenzeichnung des Erzbischofs von Niederhut und des Kaisers. Die Artistenfakultät wird mit dem Licentiat (kurz „lic.“) abgeschlossen, der Abschluss eines Faches einer der drei übrigen Fakultäten berechtigt zum Führen der Bezeichnung Artifex - Meister, bei zwei abgeschlossenen Fächern der Bezeichnung Magister – Lehrer, und ab drei absolvierten Fächern Doktor – Gelehrter. Ein Magister darf Vorlesungen und Kollegien an der Universität halten, ein Doktor zudem Abschlussdisputationen führen und für bestimme inneruniversitäre Ämter kandidieren.

Da die Universität selbst einen hohen wissenschaftlichen Anspruch erhebt, werden magische Praktiken weder unterrichtet, noch reflektiert. Während demnach der offizielle Lehrbetrieb das Vorhandensein von Magie nicht kommentiert, gibt es untergründig und vereinzelt immer wieder Gelehrte, die sich in jenen dunklen Bereich vorzutasten wagen. Solche wagemutigen werden allerdings an der Universität nicht gerne gesehen. Zeitweise gab es sogar regelrechte Verfolgungen von Personen, die sich aufgrund magischer Interessen den Vorwurf des Gottesfrevels vorhalten lassen mussten. Berühmt wurde in diesem Zusammenhang ein Ordinarius für Alchemie, Georg Brun aus dem Kurfürstentum Lichtholz. Er postulierte 78 nKH laut und offen das Vorhandensein von Magie in der Welt und zweifelte offiziell an der Magiefeindlichkeit Tarans, den er als Gott der Zauberei pries. Trotzdem der damalige Rektor Brun mehrfach verwarnt und mit einem diesbezüglichen Schweigegebot belegt hatte, beharrte er auf seiner Auffassung und begann mit der Abfassung umfangreicher theoretischer Schriften, die mit den Lehren der Taranskirche und auch mit den Erkenntnissen der offiziellen Wissenschaft in deutlichem Widerspruch standen. Studenten und Lehrkörper waren besorgt über eine allfällige Verletzung des hohen akademischen Rufes der Universität; die Tatsache, dass vor allem ausländische Studenten Brun beipflichteten, brachte ihm außerdem den Ruf unlindischen Verhaltens und Denkens ein, was schließlich zu seinem Sturz führte. Im Frühjahr 81 nKH wurde Brun auf Befehl des Rektors gefangen genommen und einem peinlichen Verhör unterworfen. Da er seine Ansichten nicht öffentlich widerrufen wollte, wurde ihm die Zunge herausgerissen. Am nächsten Tag wurde er samt all seinen Schriften und einigen Dutzend als gefährlich eingestufter Bücher vor dem Collegium Maior verbrannt. Heute ist das Verhältnis zu magischen Künsten zwar weniger angespannt, doch gelten Georg Bruns Lehren immer noch als ketzerisch und frevelhaft. An der offiziellen und ablehnenden Haltung der Universität und ihrer Angehörigen in Bezug auf Magie hat sich nichts geändert, wenngleich im Geheimen immer noch magische Studien betrieben werden und es dem Vernehmen nach eine geheime Abteilung der Bibliotheca Maximiliana geben soll, in der bedeutsame Bücher zu diesem verbotenen Thema gesammelt werden.

Das studentische Leben in Mannsegg ist von uralt überkommenen Bräuchen geprägt und trägt ein von je konservatives Gepräge. Studenten und Lehrende tragen eine einheitliche dunkle Tracht, den Talar, weiße Bundhauben und schwarze Mützen. Zu Sonnenaufgang läutet der Turm des Mannsegger Domes zum Morgengebet, an dem alle Angehörigen der Universität teilnehmen. Danach beginnt der gewöhnliche Studientag mit den Lehrveranstaltungen in den Sälen der Universität und Disputationen und Studiereinheiten in den Bursen.
Die Studenten sind nach sogenannten „Nationes“ gegliedert. Diesen Vereinigungen liegt kein nationales, sondern ein grob gehaltenes geographisches Prinzip zu Grunde. Die Elmische Natio umfasst Studenten aus des Reiches Norden und den nördlichen Nachbarländern; die Traisesche Natio umfasst Studenten aus Lindlands Osten und den östlichen Nachbarländern; die Nesische Natio umfasst des Reiches Süden und die Länder jenseits der Grenze; schließlich vereinigt die Warnische Natio den Westen.
Jeder Student, der sich an der Universität immatrikulieren will, muss sich jener der Nationes anschließen, die seiner Herkunft entspricht. Da die Nationes eigene Bursen unterhalten und auch die Professoren allesamt einer der Nationes angehören, wäre ein Student ohne solche Zugehörigkeit an der Universität völlig verloren, von allen Informationen abgeschnitten und isoliert. Versuche, den Nationeszwang abzuschaffen, wurden bisher stets im Keim erstickt. Der neugewählte Rektor wird nach seiner Inauguration von den Vertretern aller Nationes beglückwünscht und offiziell auf Lebenszeit in alle Nationes aufgenommen, um seine Unparteilichkeit zu verbürgen.
Die Studenten leben in der Regel in Gemeinschaften von bis zu zwanzig Personen in den Häusern und Bursen ihrer Natio und verkehren hauptsächlich ebenfalls innerhalb ihrer Natio. Zwischen den Nationes gibt es traditionsgemäß Rivalitäten verschiedenster Art, die in der Regel friedlich ausgelebt werden: wer stellt die meisten Professoren, welche Natio hat die besten Studenten, welche Natio richtet am Gründungstag die größte Kneipe aus usw. Zeitweilig gibt es aber auch gewaltsame Konflikte zwischen den Nationes, in denen von jedem Mitglied Treue zur Natio gefordert wird. Bei einer solchen Auseinandersetzung anno 201 nKH wurde kurzzeitig sogar das Privileg des Waffentragens suspendiert und vom Rektor vorübergehend eine allgemeine Ausgehsperre verhängt, während derer die Gemüter sich abkühlen konnten.
Neben den Nationes gibt es noch zahllose weitere Studentenvereinigungen und Verbindungen verschiedenster Prägung und Tradition. Zu den bekanntesten und ältesten gehört die Manessische Landsmannschaft, die nur reinblütige Linden von adeligem Stand aufnimmt und alljährlich am ersten Wintermond blutige Fechtturniere abhält.
Die zahllosen Spelunken und Gaststuben in Mannsegg zeugen davon, dass die Studentenschaft durchaus nicht nur der Bücher wegen zur Universität kommt. Außerdem gibt es im südlichen Teil der Stadt die Gelbe Gasse, in der sich für wenig Bares fleischliche Lust kaufen lässt. Das ist zwar nach den Satzungen der Universität strengstens verboten, allerdings gesellschaftlich akzeptiert. Einen Verweis von der Universität hat es wegen des Besuchs der Gelben Gasse noch nie gegeben.
Seit der teilweisen Audehnung des lindischen Bürgerrechts auf Erborista in den Tagen Bertholds des Standhaften wurde die Öffnung der Universität für Nichtlinden und Lindinnen debattiert. Gegen den Widerstand weiter Teile der Studentenschaft und des gesamten Lehrkörpers erzwang Kaiser Maximilian II. die Öffnung der Universität für männliche Nichtlinden. Ein Verbot für Frauen, an der Universität zu studieren, gibt es seit damals ebenfalls nicht mehr, aber keine Lindin würde sich selbst ihrer weiblichen Ehre entkleiden und in Mannsegg ein Studium beginnen. Es wäre für sie auch schlichtweg unmöglich, da die Nationes keine Frauen aufnehmen. Ausländische Frauen haben vereinzelt an der Universität studiert, blieben aber gemiedene Ausnahmen. Erborista ist der Zugang zur Stadt verwehrt, weshalb sie vor dem Burgtener Tor eine üppige, von Studenten und Professoren gern besuchte Siedlung etabliert haben.

In ihren Anfangsjahren bestand die Universität baulich aus dem Collegium Maior – dem altehrwürdigen Hauptbaus aus Hunnebalds Tagen, einigen angemieteten Hinterzimmern und Stuben und einigen zugigen Fachwerksbauten, die als Bibliotheken und Hörsäle dienten. Nach der Vertreibung des fehrburgischen Vogts kamen noch dessen Amtssitz als künftiger Sitz des Rektors und einige innerstädtische Wach- und Handwerkerhäuser hinzu. Erst nach Erlangung der vollen Autonomie unter Kaiser Maximilian erlaubte sich die Universität ein umfangreiches Bauprogramm, um einerseits ihre Ansprüche auch in baulicher Hinsicht zu befriedigen, und andererseits ihrer reichsweiten Geltung architektonischen Ausdruck zu verleihen. So entstand die Große Aula als Fest- und Versammlungsort; später die Bibliotheca Maximiliana, die durch eine am Totenbett verfügte Zuwendung des Gründungskaisers erbaut wurde und die größte weltliche Bibliothek Mythossas ist; das Theatrum Gryphius, ein großer Hörsaalbau zu Ehren des Gründungsrektors; und der Faustinische Turm als einzigem Ort im Lindland, wo mit kaiserlicher Duldung Sektionen an Leichen für anatomische Studien durchgeführt werden dürfen. In der Nähe des Burgtener Tores befindet sich noch der Hundsturm, der als Karzer für aufsässige Studenten dient.

Der Wahlspruch, den Kaiser Maximilian seiner Universität verordnete lautet „Timor Tarani – Initium Sapientiae“ – „Ehrfurcht vor Taran ist der Beginn aller Weisheit“. Er verlieh der Universität auch das Recht, neben dem Kaiserlichen und dem Lindischen auch ein eigenes Wappen zu führen. Es zeigt in zwei waagrechten Balken die fehrburgischen Landesfarben als ideellen Ausgleich und Versöhnungsgeste gegen das Freiherrentum und davor drei weiße Kerzen um die drei hohen Fakultäten zu symbolisieren.
Hohe Festtage und Zeiten einer strikten und allgemeinen Arbeitsruhe sind der oben beschriebene Gründungstag Ende Herbst, der Inaugurationstag zu Neujahr und die Eulsfeuer zur Sommersonnenwende, anlässlich derer die Immatrikulation neuer Studenten möglich ist.
Eine eigene Hymne besitzt die Universität nicht, da Rektor Emmeram das Singen als eine für Gelehrte unziemliche Betätigung erachtete. Dennoch wurde neben dem Lindlandlied vor allem der Lobpreis „Gryphii Sequentia“ zur akademischen Festhymne, die bei offiziellen Anlässen auch von den strengsten Professoren nicht ohne begeisterte Rührung gesungen wird.